Historicky se dnešní Apulie poprvé objevuje již v době kamenné, kdy tady žili v jeskyních apulští domorodci. V 11. století př.n.l. se sem přistěhovali příbuzní Messapů a Tekatů a asi kolem roku 750 př.n.l. se v Apulii začaly objevovat první řecké osady.
Vláda germánských panovníků nevydržela v Apulii do konce roku 400 a teprve pokus o dobytí zpět císařem Justiniánem zapřičinil zlom. Během této doby se také rozvinula čilá lodní přeprava do Řecka, nejdůležitějším přístavem se stalo Brundisum - zde také končila první římská dálková cesta.